Ilopango era uno de los aeropuertos más grandes y concurridos de Centroamérica. Durante la guerra civil, debido a su ubicación, era un blanco perfecto para las bombas de la guerrilla. Terminó su servicio de vuelos internacionales en enero de 1980, con la construcción del Comalapa International más grande y más moderno. Actualmente, hay un plan que implica la modernización y ampliación del aeropuerto para acomodar aviones modernos. En 2001, la administración del aeropuerto pasó de los militares a la Comisión Ejecutiva Portuaria Autónoma (CEPA), que se encarga de planificar el proyecto de modernización.
